EC-CUBE 2.13がリリースされました。
http://www.ec-cube.net/product/info_2_13.php

今回の目玉は、「税率管理システム」搭載です。

上記のページでは以下のポイントが紹介されています。

1. 消費税率変更前後の受注データの整合性を保てます。
2. 段階的な税率変更にも対応できます。
3. 軽減税率の対応も可能です。

ただ、現在すでに2.12系で運用を行なっており、2.13系への移行は難しいという方もおられるかと思います。
税率変更のタイマー設定や、軽減税率への対応はさておき、
2.12系のままで、「消費税率変更前後の受注データの整合性を保つ」という部分だけは対応しておきたい
と考えておられる方は、どうぞ、以下の記事を参考になさってください。

EC-CUBEで消費税の変更対応の準備として何をすればよいですか
http://ec-cube.systemfriend.co.jp/consult/consult0026/